科学研究是高等学校的重要任务之一。通过科学研究，提高教师的科研能力和学术水平，同时也为进一步搞好教学活动提供素材和业务支持。学院在建院之初就十分重视科学研究工作，参与了大批国家急需的科学研究工作，取得了良好的经济和社会效益。随着学院的不断发展和学科地位的逐渐提高，科研能力和水平也不断提高，进入二十一世纪后，学院依托环境工程国家重点学科、两个省部级重点学科、两个省级重点实验室、四个博士点和四个硕士点以及两个博士后流动站，承担了一大批国家和地方的科研任务，通过科研活动，建设科研平台，提高研究水平，提升学院的学术声誉，反过来，通过科研条件的建设，为本科实践教学提供有力的条件保障，为教师理论联系实际和提高课堂教学效果提供支撑。

近20来，先后承担重大水专项、重点研发计划、自然科学基金重点项目、国家重点研发国际科技创新合作专项等国家级项目223项、省部级项目262项。获批科技合同额68452.9万元；获得国家级科技奖励5项、省部级奖励38项，授权发明专利403件，美国发明专利1件，发表学术论文4900余篇，其中SCI论文1016篇。经过几代人的不懈奋斗，学院现已成为我国西部环境保护高层次创新人才培养基地和高水平科学研究中心，并跻身国内先进行列。